要开启迷失岛2的二周目，首先需要完成一周目的全部流程。一周目通关后，返回主菜单界面，选择新游戏并确认擦除当前游戏记录，系统会保留部分关键道具和线索，即可进入二周目。二周目并非简单重复一周目内容，而是新增了五个关键道具（四个蓝色方块和一个红珠子）以及两间隐藏密室，这些内容与一周目收集的线索紧密关联，必须完成一周目才能触发。
进入二周目后，玩家会立即在初始场景的桥上发现一个三角形符文，这是二周目的第一个新增道具。随后按照一周目的常规流程探索灯塔、工厂等区域，但需特别注意场景中的变化。灯塔二楼的左侧墙面会显示一张新的图纸，提示六个三角形符文的分布位置，而工厂内会多出一个需要红色奇怪方块解锁的铁箱。二周目的核心目标是收集全部六个三角形符文，用于开启神庙二楼的密室。
二周目的关键道具分布位置如下：外星人头部方向、火箭二楼左侧、古代神庙最深处、用铲子挖掘地面获得的异形块，以及金字塔密室中的红珠子。红珠子需放置在神庙墙壁特定位置，记录其显示的图案。废桥左侧会出现一周目没有的红梯子，下去后可触发隐藏剧情。完成这些收集后，需按照灯塔图纸的提示，将六个三角形符文正确排列在神庙密室的门上，从而解开最终谜题。
二周目的终极谜题涉及工厂铁箱与神庙密室的联动。将红色奇怪方块放入工厂铁箱中央，会激活一组密码机关，答案来自神庙密室墙上的章鱼图案。输入正确密码后获得铁锥，将其放入神庙密室的光束中，会触发与NPC的对话，得到金字塔密室的最终密码。输入密码后完成二周目，可解锁全部隐藏成就并揭示游戏背后的完整剧情。
二周目设计上更注重线索的连贯性与逻辑性，玩家需结合一周目已掌握的信息进行推理。若遇到困难，可回顾一周目中记录的密码、图案等细节，或重新检查场景中新增的可互动元素。整个流程虽复杂，但通过系统性的探索与解谜，最终能完整体验迷失岛2的核心叙事与隐藏内容。
