在三周目阶段，玩家需要专注于神兽捕捉和世界联盟挑战。首先需激活神兽剧情，通过击败特定NPC解锁神兽出现条件。雪柔市的大吾、御龙市的渡、兰蔻镇的斗也等关键人物需依次对战，胜利后获得通行证才能开启对应神兽的捕捉权限。部分神兽如红蓝水都、三圣菇分布在翡翠市冲浪区域或临港市周边海域，等级普遍在40-50级之间，建议提前准备高级精灵球和状态异常技能。
捕捉过程中需注意汉化版可能存BUG，例如垂暮森林入口的雪拉比或青瓷市热气球遗迹的路径错误。遇到障碍时可尝试切换英文版串档解决。反转世界的鬼龙需携带白金玉维持原始形态，而御龙市冲浪至蒸汽团基地左侧门内可捕获50级超梦。神兽阵容搭配应考虑属性互补，岩神柱、冰神柱等需在特定洞窟使用攀岩技能抵达深处。
世界联盟挑战前建议完成全部神兽收集。联盟内前三场战斗对手精灵等级呈阶梯式增长（60/65/70级），最终需连续对战小黄、希罗娜和智爷三人。智爷队伍全员达到100级且包含妙蛙花、喷火龙等经典组合，需针对性调整队伍属性克制关系。泽理联盟和洛林联盟的四天王房间隐藏着技能商店与树果商店，可补充高级战斗资源。
三周目新增的奇迹种子可提升草系技能威力，而天气系统和妖气值的合理调控能改变战场优势。探索隐藏地点如静谧市陨石坑内的代欧西奇斯或空之谷的裂空座时，需携带潜水、攀岩等秘传技能。战斗记录机可复盘对战过程，有助于优化战术策略。
多任务处理能力是三周目通关的核心要求。建议同步推进神兽激活、通行证收集、技能修炼三条主线，避免重复往返消耗时间。训练营地的高等级野生精灵和训练家可作为实战演练对象，但需控制经验分配比例，确保主力队伍均衡成长。联机对战虽非必需，但能检验队伍强度并获取额外奖励。
最终阶段需集中应对世界联盟的连续战斗。队伍配置建议保留至少两个属性输出核心，搭配回复型精灵维持续航。战胜智爷后将成为世界联盟冠军，完成全部剧情内容。此后游戏重心转向精灵收集与培养，不再解锁新地图或剧情，玩家可根据个人兴趣继续完善图鉴或挑战更高难度对战。
