玩家可以捕捉多种稀有且强大的神兽，包括闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟、超梦、雷公、炎帝、水君、洛奇亚和迪奥西斯等。这些神兽分布在关东地区的特定地点，需要满足一定条件才能遇到并捕捉。闪电鸟位于无人发电厂深处，火焰鸟栖息在1号岛灯火山顶，急冻鸟则隐藏在双子岛瀑布后的洞穴中。超梦作为游戏中最强的神兽之一，需要在华蓝洞窟最深处挑战。雷公、炎帝和水君会在击败四大天王后随机出现在关东地区的草丛中。
捕捉神兽前需要做好充分准备，包括提升队伍等级、携带克制属性的宝可梦以及准备足够的精灵球。对于电属性的闪电鸟，建议使用地面系宝可梦抵抗其攻击；火属性的火焰鸟则惧怕水系和岩石系技能；冰属性的急冻鸟弱点是火系和格斗系招式。超梦作为超能力系神兽，恶系宝可梦能有效克制它。在战斗中需注意将神兽的血量削弱至红色状态，并尽可能使其陷入睡眠或麻痹等异常状态，这会显著提高捕捉成功率。
急冻鸟需要玩家在双子岛按特定顺序推动岩石堵住瀑布才能见到；洛奇亚出现在第八座彩虹岛右下方，等级高达70级；迪奥西斯则需在第九座彩虹岛完成拼图后才会现身。三圣兽（雷公、炎帝、水君）的出现与初始选择的御三家有关：选择小火龙会遇到水君，选择妙蛙种子会遇到炎帝，选择杰尼龟则会遭遇雷公。这些神兽都具有独特的战斗特性，合理运用它们的技能可以在对战中占据优势。
捕捉神兽时推荐使用高级球、计时球或大师球。高级球在常规情况下效果较好；计时球战斗回合增加而提高捕捉率，适合持久战；大师球则能确保100%成功率，但数量极为有限。同时要携带足够的回复道具，如全复药和PP恢复剂，以应对长时间的战斗。某些神兽如闪电鸟和火焰鸟会使用高威力的本系技能，提前准备抗性装备或特性可以降低战斗难度。
完成神兽捕捉后，它们将成为队伍中的重要战力。急冻鸟的冰系技能能有效克制龙系和飞行系对手；闪电鸟的高速特攻在电系宝可梦中名列前茅；超梦的超高种族值使其成为全能型选手。部分神兽如洛奇亚和迪奥西斯具有双属性，需要根据其属性弱点制定战术。这些神兽不仅能够增强玩家的对战实力，也是完成图鉴的重要收集要素。
神兽的分布和捕捉方式体现了游戏设计的探索乐趣。从发电厂的迷宫到双子岛的推石谜题，每种神兽都有独特的出现机制。建议玩家在挑战前查阅相关资料，制定周密的捕捉计划。同时要注意保存游戏进度，避免因意外情况导致捕捉失败。游戏进程推进，这些神兽将陆续解锁，为玩家提供持续的目标和挑战。
