迷失岛2的二周目在继承一周目核心玩法的基础上，新增了多个关键道具和解谜场景。玩家需要收集六块三角形石块，这些石块分布在桥面、工厂章鱼怪附近、神庙石室等位置。二周目初始房间的画板线索图会发生变化，工厂和神庙的开门谜题也与一周目不同。新增的两间密室分别位于神庙二楼和金字塔内部，需要通过华容道谜题解锁。
二周目新增的核心解谜机制围绕神庙密室中的章鱼图案展开。玩家需将红色眼睛放置在工厂铁箱中心激活密码装置，根据神庙密室壁画上眼睛的睁开位置点亮对应眼睛。解开铁箱后可获得神秘铁锥，用于激活神庙密室中的光能装置。该装置需要输入由神秘雕像图案推导出的八位密码49180375，通电后会出现NPC对话获取金字塔密室的4325密码。
在金字塔密室中，玩家需要按照NPC提示的钢管长度顺序4325进行操作。完成后会触发时空门，进入最终场景点击海怪眼睛即可完成二周目。二周目新增的漂流瓶谜题和游戏感谢名单中的隐藏数字可解锁额外成就，包括邮递员、狮子人和老司机成就。部分成就需要结合游戏关于页面的符号数字对应关系才能解开。
二周目新增的桥下场景需要安装四个蓝色三角石板，位置分别在外星人头部、神庙石室、海边和火箭二层。红眼石板需在船舱二楼获取，用于No.09房间的镀金操作。玩家还需记录老爷爷全息投影的手臂动作，这些动作与飞船启动密码相关。火箭启动流程虽与一周目相同，但会触发不同的结局动画。
二周目解谜难度主要体现在线索的分散性和逻辑关联性上。灯塔二层的纸条会变为三角形分布图，工厂新增的铁箱谜题需要结合多个场景信息才能破解。玩家需注意金字塔门口墙壁裂缝中的游戏感谢名单，其中隐藏着关键密码线索。建议在解谜过程中随时记录图案和数字信息，避免因记忆偏差导致卡关。
