三周目是口袋妖怪白金光中深度探索游戏内容的关键阶段，玩家需要完成主线任务后激活神兽捕捉剧情。通关二周目后返回特定小镇，通过山洞捕捉创世神阿尔宙斯是核心目标之一。游戏地图会新增多个隐藏区域，例如垂暮森林左下角可遇到50级红圣菇，御龙市外的隐藏山洞则需击败训练师获取橘子通行证。合理规划神兽捕捉顺序能提升效率，建议优先解决雪柔市的大吾和御龙市的渡等关键战斗，这些对手的精灵等级普遍在83-85级之间，需针对性搭配队伍属性。
三周目的核心挑战在于世界联盟的最终战斗，但在此之前必须收集全部通行证。每个城市的强者会提供不同通行证，例如兰蔻镇的斗也掉落彩虹通行证。神兽激活流程需按特定路线推进：从方圆市乘坐火车前往世界联盟前，需先在雪柔市击败大吾，再前往御龙市触发隐藏剧情。部分神兽如海皇牙和古拉顿的捕捉需要潜水技能，而岩神柱、钢神柱等则需在洞窟中使用攀岩技能。汉化版可能存在创世神捕捉BUG，需切换英文版串档解决。
战斗策略上需充分利用属性克制和技能组合。三周目训练师的精灵等级显著提升，例如希罗娜的烈咬陆鲨达到90级，最终对战智爷的精灵均为100级。建议在泽理联盟和洛林联盟的技能商店补充关键技能，如气合拳用于突破特定地形障碍。道具配置上优先携带PP恢复类物品，以应对连续高强度战斗。神兽捕捉时注意控制血量，部分神兽如50级凤王出现在彩虹山谷深处，需通过热气球传送抵达。
与其他玩家交换宝可梦可获取稀有种类，而合理分配下剩资源如游戏币和道具能应对突发挑战。游戏内两个隐藏商店分别出售50种技能和43种树果，建议在挑战世界联盟前完成采购。探索过程中需注意环境互动，如垂暮市特定房屋的床铺可进入梦境世界捕捉达克莱伊，这种非线性的隐藏要素需要玩家保持观察力。最终成为世界联盟冠军后，游戏会解锁全部神兽图鉴作为成就奖励。
