在口袋妖怪火红二周目中与其他训练师对战的核心在于队伍配置与属性克制。二周目开启后，训练师等级显著提升，尤其是七岛的训练师塔和火箭队残党，其宝可梦等级普遍在60级以上。队伍中需配备至少一只水系或地面系宝可梦应对常见的火系与电系对手，同时建议携带超能力系或恶系宝可梦针对幽灵系与超能力系敌人。属性克制表需熟记，例如用岩石系技能压制飞行系，用电系技能反制水系。确保主力宝可梦掌握高威力技能如破坏死光或飞叶风暴，但需注意副作用。
战斗前的准备包括道具管理与状态恢复。二周目对战往往连续进行，需随身携带足量伤药、解状态药剂及PP恢复道具。推荐购买战斗测试仪提升对战效率，该道具可在枯叶市商店获取。对于高难度对战如训练师塔，建议提前使用能力增强剂提升关键属性，例如特攻强化对特攻型宝可梦至关重要。宝可梦的个体值与努力值分配也需优化，优先提升速度与攻击属性以确保先手优势。若遇到无法战胜的对手，可返回一岛的光辉温泉免费恢复状态。
面对四天王复战时，冰天王科拿的乘龙会使用急冻光线与雷电组合技，派出电系宝可梦反而劣势，更适合用草系或格斗系应对。火箭队残党常使用双弹瓦斯与叉字蝠，需防范毒系技能与飞行系连招。训练师塔的NPC会采用战术配合，例如先手催眠术接强化技能，携带气息腰带或白色香草可破解此类组合。注意观察对手换宠规律，预读换人时机使用追击或伏特替换等技能。
华蓝洞窟深处的超梦需用碎岩术开辟道路，其Lv.70的战斗力可成为队伍核心。不归洞穴深处的NPC会要求展示特定宝可梦换取道具奖励，如丝绸围巾可提升一般系技能威力。彩虹市游戏厅兑换的技能机器如雷电拳、冰冻拳能丰富技能池。标记森林的赫拉克罗斯与变化洞窟的超音蝠虽无战术价值，但击败后提供的经验值有助于队伍整体提升。
每次战败后需复盘对手技能组合与出手顺序，调整队伍站位与技能配置。例如龙天王的快龙常用暴风雪与地震，可通过替换钢系宝可梦免疫其伤害。二周目新增的七岛区域提供大量训练师对战机会，建议定期返回关都地区检查PC中心内的对战记录仪，分析胜负数据。宝可梦的亲密度系统会影响技能触发概率，高亲密度宝可梦更易回避攻击或抵抗濒死，可通过按摩或携带安抚之铃提升。
三圣鸟与超梦的捕获能为队伍提供战略威慑，但需注意闪电鸟与火焰鸟分别占据电系与火系位置，避免属性重复。技能教学者处可学习终极技能如龙之波动与恶之波动，需合理分配心之鳞片。每日与特定NPC重复对战可积累经验，例如五岛的老者会赠送波克比蛋，其进化后的天恩特性极具战术价值。最终目标是建立六只属性互补、技能覆盖全面的宝可梦队伍，以应对二周目所有类型的训练师挑战。
