合理的阵容搭配能够显著提升战斗效率。常见的通关阵容通常以高种族值精灵为核心，例如喷火龙、快龙、卡比兽等。喷火龙作为初始御三家之一，凭借优秀的火+飞行属性组合和稳定的输出能力，成为许多玩家的首选。快龙虽然进化周期较长，但龙属性的全面抗性和高攻高耐的特点使其后期表现突出。卡比兽则凭借极高的HP种族值和厚实的身板，能够有效承担队伍中的坦克角色。
水系精灵如水箭龟或乘龙也是热门选择，水属性招式能有效应对火红中常见的岩石和地面系道馆。乘龙的优势在于冰属性招式对后期龙系天王的克制效果。超能系精灵如胡地或勇吉拉凭借高速高特攻的特点，能够快速清场普通训练家。需胡地需要通过通讯进化，单机玩家可能更倾向于选择勇吉拉作为替代。电系精灵如雷丘或雷精灵能够有效针对水系和飞行系敌人，弥补队伍打击面的不足。
幽灵+毒属性的耿鬼是另一个值得考虑的选项，其独特的属性组合使其免疫普通和格斗系招式，同时毒属性对草系精灵有显著克制效果。风速狗作为火系精灵的替代选择，拥有更高的速度和物攻，但获取时间相对较晚。飞行系如比雕或化石翼龙能够提供高速先手优势，化石翼龙还具备岩石属性带来的额外抗性。地面系如尼多王或三地鼠能够有效针对电系敌人，尼多王的多属性招式池也增加了战术灵活性。
后期获取的传说精灵如闪电鸟、急冻鸟等虽然实力强劲，但考虑到捕捉难度和培养周期，通常不作为一周目主力推荐。部分玩家会选择培养交通工具精灵如暴鲤龙，其水系+飞行属性在战斗中也有不错表现。草系如妙蛙花在对抗水系道馆时效果显著，但整体打击面相对较窄。格斗系如怪力或沙瓦郎能够有效应对普通和岩石系敌人，但需要注意其脆皮的防御属性。
阵容搭配时需要综合考虑属性克制、招式覆盖面和精灵获取难度。一个平衡的队伍通常包含2-3个主攻手，1-2个坦克型精灵和1个速度型先手。火+水+电的基础属性组合能够覆盖大多数战斗场景，再辅以龙或超能系精灵应对特殊情况。避免队伍中出现过多相同弱点的精灵，例如同时携带喷火龙和风速狗会导致对岩石系弱点叠加。合理分配物理攻击和特殊攻击手，以应对不同防御类型的敌人。
精灵的招式配置同样重要，尽量确保每个成员都能学习不同属性的招式以扩大打击面。例如喷火龙可配置火焰喷射、翅膀攻击、龙爪和地震，形成多属性输出能力。乘龙建议保留水系和冰系招式，同时可学习超能系技能补充打击面。耿鬼的影子球和污泥炸弹组合能够有效克制超能和草系精灵。注意保留必要的交通工具技能如冲浪、怪力等，但不宜过多影响战斗能力。
